怀孕四十天做B超不一定能看到孕囊。
B超检查的项目主要包括经腹部B超和经阴道B超，具体如下：
1.经腹部B超：需要憋尿，检查前需要大量饮水，使膀胱充盈，以获得较好的声窗。经腹部B超检查能清晰地显示子宫及卵巢的形态、大小，判断子宫及卵巢内是否有肿物，还能检测孕囊的位置、大小和形态，判断是否为宫内妊娠。但由于怀孕四十天时孕囊较小，经腹部B超可能无法看到孕囊。
2.经阴道B超：不需要憋尿，经阴道B超将探头放入阴道进行检查，图像更清晰，分辨率更高。经阴道B超检查能更早地发现孕囊，一般在怀孕35天左右就能看到孕囊。但经阴道B超可能会引起孕妇不适，且存在一定的局限性，如孕妇患有阴道炎、宫颈病变等，不适合进行经阴道B超检查。
需要注意的是，B超检查的时间过早或过晚，都可能影响检查结果。如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，建议在怀孕49天左右进行B超检查，以明确孕囊的位置、大小和形态，排除异位妊娠。如果怀孕四十天时出现腹痛、阴道流血等异常情况，需要及时进行B超检查，以排除宫外孕的可能。