肺部穿刺主要用于明确肺部病变的性质，比如当通过影像学检查（如胸部CT）发现肺部有直径约1厘米以上的孤立性结节或肿块，且无法通过其他非侵入性检查明确病变是良性还是恶性时，就可能需要做肺部穿刺。
肺部占位性病变性质不明时
肺部结节或肿块：当胸部CT等检查发现肺部有结节或肿块，其性质难以通过影像学判断是良性的炎性结节还是恶性的肿瘤结节时，肺部穿刺就可以获取病变组织进行病理检查，从而明确诊断。例如，通过穿刺取得组织后，在显微镜下观察细胞形态等，判断是肺癌细胞还是良性病变细胞。肺部阴影待查：有些患者胸部出现不明原因的阴影，通过常规的血液检查、痰液检查等无法明确病因，这时候为了明确阴影是感染性病变（如结核等）还是其他性质的病变，就可能需要做肺部穿刺来获取组织进行分析。
肺部感染性疾病鉴别时
怀疑结核但难以确诊：当患者有咳嗽、低热、盗汗等疑似结核的表现，但痰液找结核杆菌等检查多次阴性时，肺部穿刺可以获取病变组织进行结核相关的病理检查或细菌学检查，帮助明确是否为结核感染。比如通过穿刺组织进行结核杆菌培养等，若培养出结核杆菌则可确诊。怀疑特殊病原体感染：对于一些怀疑是特殊病原体感染（如真菌等）但常规检查难以明确的情况，肺部穿刺获取组织进行病原学检查有助于明确是否存在特殊病原体感染以及具体的病原体类型，从而指导针对性的治疗。
肺部弥漫性病变诊断时
间质性肺疾病：当患者被诊断为间质性肺疾病，但通过支气管镜等检查无法获取足够有代表性的组织来明确具体的间质性肺疾病类型时，肺部穿刺可以获取更深部位的肺组织，帮助医生明确是特发性肺纤维化、结节病等哪种类型的间质性肺疾病，以便制定更精准的治疗方案。一般来说，间质性肺疾病的肺部穿刺能更直接地观察肺组织的病理改变情况。