基础内分泌检查通常通过血液、尿液等样本进行检测。一般来说，血液内分泌检查常用静脉采血的方式，通常需要抽取2-5毫升左右的血液。
血液检查方法
血清激素测定： 通过采集静脉血，检测其中各种激素的水平。例如甲状腺激素，包括促甲状腺激素（TSH）、游离甲状腺素（FT4）、游离三碘甲状腺原氨酸（FT3）等。一般需要空腹采血，前一天晚上8点后避免进食，保持空腹8-12小时，这样能保证检测结果的准确性。性激素六项检查： 也是通过静脉采血，了解女性雌激素、孕激素、睾酮等，男性的睾酮等性激素水平。女性检查一般选择在月经来潮后的第2-5天，此时处于卵泡早期，能反映卵巢的基础功能；男性则没有严格的时间限制，但尽量保持规律的生活状态采血。
尿液检查方法
尿游离皮质醇测定： 收集24小时的尿液，需要使用专门的24小时尿收集容器。要准确记录开始收集尿液的时间和结束时间，并且在收集过程中避免混入其他物质，如女性月经血等可能影响结果。通过检测24小时尿液中游离皮质醇的含量，来评估肾上腺皮质的功能。尿妊娠试验： 可以用晨尿进行检测，通过检测尿液中的人绒毛膜促性腺激素（hCG）来判断是否怀孕。使用早早孕试纸时，将试纸带有吸收端的一端浸入尿液中（注意不要超过标记线），等待几分钟后观察结果，阳性结果提示可能怀孕。
其他检查方法
唾液皮质醇检测： 通过收集唾液来检测皮质醇水平。这种方法相对简便，不需要静脉采血。收集唾液前要避免进食、饮水、刷牙等刺激唾液分泌的行为，一般在早晨起床后未进行上述活动时收集唾液样本，能反映早晨皮质醇的基础水平，对于评估肾上腺皮质功能有一定帮助。基础体温测定： 女性可以通过每天早晨醒来后，在未进行任何活动前测量基础体温。一般需要连续测量多个月经周期。基础体温会随着月经周期中孕激素水平的变化而有所波动，排卵后孕激素升高，基础体温会较排卵前升高0.3-0.5℃，通过基础体温的变化可以辅助判断排卵情况等内分泌相关的生殖功能。