多发性肾囊肿是否严重不能一概而论，多数情况下不算严重，但也需关注具体情况。一般来说，较小的多发性肾囊肿通常对肾脏功能影响不大，约有50%的成年人在超声检查时可发现单纯性肾囊肿，其中部分可能是多发性肾囊肿。
囊肿大小与严重程度关系
较小囊肿（直径＜4厘米）：这类囊肿一般不会引起明显症状，对肾脏功能影响较小，通常定期复查即可，比如每6-12个月做一次肾脏超声检查，观察囊肿大小变化。较大囊肿（直径≥4厘米）：当囊肿直径达到4厘米及以上时，可能会压迫周围肾组织，影响肾脏正常结构和功能，此时相对严重一些，可能需要考虑穿刺抽液等治疗手段。
对肾脏功能的影响情况
对肾功能影响较小的情况：如果多发性肾囊肿数量不多，且都比较小，肾脏结构和功能大多能维持正常，尿常规、肾功能等检查一般无明显异常，身体也不会有不适症状。可能影响肾功能的情况：当多发性肾囊肿不断增大、数量不断增多时，可能会破坏肾脏的正常组织结构，影响肾小球和肾小管的功能，进而导致肾功能逐渐减退，后期可能出现蛋白尿、血尿等表现，严重时甚至可能发展为肾衰竭。
伴随其他并发症时的严重程度
无其他并发症：单纯的多发性肾囊肿，没有合并感染、出血等并发症时，病情相对较轻，通过规范的随访和必要时的简单处理，一般预后较好。合并感染或出血：如果多发性肾囊肿合并感染，会出现发热、腰痛等症状，此时病情相对严重，需要积极抗感染治疗；若合并出血，可能会出现肉眼血尿等情况，严重的出血可能导致贫血等问题，也需要及时处理，否则可能影响身体健康。