12岁男孩阴茎短小、睾丸大小正常，可能是正常的，也可能是疾病导致的。如果男孩第二性征（阴毛、腋毛等）尚未出现，且家族中有类似情况，可能是正常的，无需特殊处理。如果男孩第二性征已经出现，或伴有其他异常，如身材矮小、面容异常等，可能是疾病导致的，需要及时就医，明确原因。
需要注意的是，每个男孩的生长发育情况都不同，阴茎的大小和睾丸的大小也会因个体差异而有所不同。如果家长对男孩的生殖器官发育情况有任何疑虑，建议及时咨询医生。医生会根据具体情况进行评估，并提供个性化的建议和指导。此外，家长还应注意培养男孩的良好生活习惯，如均衡饮食、适量运动、充足睡眠等，有助于促进其健康成长。