脑主干堵塞的预后差异较大，轻度的脑主干堵塞经过及时治疗，可能不影响寿命；重度的脑主干堵塞，患者在发病后数天至数周内死亡的风险较高，有的可能在2周内死亡。
影响预后的因素
堵塞程度： 如果脑主干堵塞面积较小，对脑部功能影响相对局限，患者经过积极治疗，预后相对较好，存活时间较长；但如果堵塞面积大，会严重影响脑干的重要功能，如呼吸、心跳等中枢调节功能，患者预后差，存活时间短。例如，一些小的腔隙性脑主干梗死，通过规范治疗，可能不影响正常生活和寿命。治疗时机： 发病后能在4.5小时内进行溶栓治疗，或在合适时间进行取栓等血管再通治疗，可大大降低脑损伤程度，改善预后。如果就诊不及时，错过最佳治疗时机，脑组织坏死范围扩大，会明显影响存活时间。
康复与护理
康复训练： 在病情稳定后，应尽早进行康复训练。康复训练包括肢体功能康复、语言康复等。例如，对于有肢体瘫痪的患者，需要进行被动和主动的肢体运动训练，帮助恢复肢体功能，这有助于提高患者的生活自理能力，延长存活时间并提高生活质量。护理要点： 要注意预防并发症，如肺部感染、压疮、深静脉血栓等。定期为患者翻身、拍背，帮助排痰，保持皮肤清洁干燥，进行肢体的被动活动等。如果护理不当，出现严重并发症，会危及生命，缩短存活时间。
基础疾病影响
合并基础疾病： 如果患者本身还合并有其他严重基础疾病，如严重心脏病、慢性阻塞性肺疾病等，会进一步影响脑主干堵塞后的预后。例如，合并严重心脏病的患者，在脑干梗死时，心脏功能可能受到影响，加重病情，导致存活时间缩短。而没有严重基础疾病的患者，相对预后更好一些。