小儿包茎主要是先天性因素导致的。一般来说，新生儿和婴儿的包茎多为生理性包茎，这是一种正常的生理现象，随着年龄增长，部分可自行改善，但也有少部分会持续存在。
先天性解剖结构因素
胚胎发育阶段： 在胎儿发育过程中，包皮与阴茎头之间原本存在生理性粘连。通常在出生后的2-3年内，随着阴茎的生长和发育，包皮与阴茎头的粘连会逐渐被吸收，包皮可自行退缩，阴茎头得以暴露。但如果这种生理性粘连吸收不完全，就可能导致包茎持续存在。遗传因素影响： 有研究发现，包茎具有一定的遗传倾向。如果家族中有包茎的遗传史，那么小儿发生包茎的概率可能会相对较高。
局部炎症刺激因素
婴幼儿时期护理不当： 婴幼儿的包皮内板和阴茎头容易积聚分泌物，如果家长没有做好局部清洁，分泌物长期刺激阴茎头和包皮，可能会引起局部炎症反应。炎症会导致包皮口黏膜充血、水肿，进而使包皮口狭窄，形成继发性包茎。一般来说，这种情况多发生在3岁以上的儿童，且局部会有红肿、疼痛等表现。泌尿系统感染累及： 当小儿发生泌尿系统感染时，细菌等病原体可能会蔓延至包皮部位，引发包皮炎症。炎症反复刺激会使包皮组织增生、纤维化，导致包皮口狭窄，出现包茎情况。例如，尿道炎、膀胱炎等泌尿系统感染性疾病，都可能间接导致小儿包茎的发生。
包皮发育异常因素
包皮过长未及时矫正： 部分小儿本身存在包皮过长的情况，如果家长没有在合适的时机帮助小儿进行包皮的矫正，随着年龄增长，过长的包皮可能会逐渐与阴茎头粘连，或者因包皮口狭窄而发展为包茎。一般建议在小儿5-10岁左右，如果包茎情况仍未改善，可考虑进行相应处理。包皮口狭窄先天性存在： 有些小儿出生时就存在包皮口狭窄的先天性异常，这会直接阻碍包皮的退缩，使得阴茎头无法正常暴露，从而形成包茎。这种先天性包皮口狭窄可能是由于胚胎发育过程中包皮口组织发育异常所致，一般需要通过医疗手段进行干预才能改善。