月经干净了两天又来了，可能是以下原因引起：
1.子宫内膜修复不完全：月经刚结束时，子宫内膜可能尚未完全修复，剧烈运动、性生活或使用阴道栓剂等刺激，可能导致再次出血。
2.激素水平波动：在月经周期中，激素水平会发生波动。排卵后，孕激素水平升高，为受精卵着床做准备。如果没有受孕，孕激素水平会下降，导致子宫内膜脱落，引起月经。但有时孕激素水平下降不完全，可能导致少量阴道出血。
3.其他妇科问题：某些妇科疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫腺肌症等，也可能导致月经不规律。
4.全身性疾病：某些全身性疾病，如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等，也可能引起异常阴道出血。
对于这种情况，需要引起重视，建议及时就医，进行详细的检查，如盆腔超声、激素水平测定等，以明确原因。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
此外，对于围绝经期女性或有月经紊乱症状的女性，应定期进行妇科检查，以便早发现、早治疗潜在的妇科疾病。同时，保持良好的生活习惯，如规律作息、均衡饮食、减少压力等，有助于维持月经的正常规律。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体情况请以专业医生的诊断和治疗为准。如果对月经问题有任何疑虑或担忧，应及时咨询医生。