穴位埋线法可能出现的副作用相对较少，但也有一些需要注意的情况。一般来说，穴位埋线法相对比较安全，但仍可能存在局部红肿疼痛等情况，不过这种情况大多在短时间内可缓解。
局部反应方面
局部红肿疼痛： 部分人在穴位埋线后，埋线部位可能会出现轻微的红肿、疼痛，一般1 - 3天内可逐渐缓解。这是因为埋线对局部组织有一定的刺激，身体会有应激反应。局部感染： 虽然比较少见，但如果操作环境不卫生或者埋线后局部护理不当，可能会引发局部感染，表现为红肿加重、有脓性分泌物等。一旦发生感染，需要及时进行抗感染处理。
全身反应方面
过敏反应： 个别人可能对埋线所用的材料过敏，比如对蛋白线过敏，会出现全身瘙痒、起皮疹等过敏症状。如果出现过敏反应，应立即就医进行抗过敏治疗。发热： 极少数人在穴位埋线后可能出现低热，一般体温在37.5℃ - 38℃左右，可能是身体对埋线刺激的一种轻度应激反应，通常经过休息后可自行消退。
特殊人群反应方面
孕妇： 孕妇进行穴位埋线需谨慎，因为穴位刺激可能会引起子宫收缩，有导致流产的风险。所以孕妇一般不建议进行穴位埋线。皮肤破溃处附近： 在皮肤有破溃、感染等情况的部位附近进行穴位埋线，可能会加重局部的不适，还可能导致感染扩散，所以这类人群不适合进行穴位埋线。