包皮龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的包皮龟头炎，可选用莫匹罗星软膏等抗生素药膏，通常用药后数天内症状会有所改善。
细菌感染性包皮龟头炎用药
抗生素类药膏： 像莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，对常见引起包皮龟头炎的金黄色葡萄球菌等有一定抗菌作用。使用时要注意保持局部清洁，用药前最好先用清水清洗患处。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对革兰阳性菌有抗菌作用，也可用于细菌感染导致的包皮龟头炎，涂抹时轻轻薄涂于患处即可。
真菌感染性包皮龟头炎用药
抗真菌药膏： 克霉唑软膏是常用药物，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效。使用时要避免接触眼睛和其他黏膜部位，若用药部位有烧灼感、红肿等情况应停药。酮康唑乳膏： 同样是抗真菌药，可抑制真菌麦角固醇的合成，达到抗真菌效果，使用时要注意按照疗程使用，不要随意中断。
过敏因素引起的包皮龟头炎用药
糖皮质激素类药膏： 如氢化可的松软膏，能减轻过敏引起的炎症反应、红肿瘙痒等症状。但这类药物不能长期大面积使用，儿童使用更要谨慎，一般短期使用缓解症状。钙调磷酸酶抑制剂： 像他克莫司软膏，也可用于过敏导致的包皮龟头炎，相对来说副作用可能较小，不过使用时也需在医生指导下进行，注意观察用药后的反应。另外，在用药治疗的同时，要注意个人卫生，保持包皮龟头清洁干燥，每天用清水清洗包皮腔，避免不洁性生活等。如果是反复发生的包皮龟头炎，可能还需要考虑是否存在包皮过长等情况，必要时可能需要进行包皮环切手术来从根本上解决问题。