目前可以确定的新冠肺炎病毒的起源是野生动物，具体而言，是穿山甲冠状病毒。
2020年2月2日，中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心，收集了全球共享到GISAIDEpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据进行了分析，发现新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在2019年12月下旬已开始在华南海鲜市场流行，推测该市场是新冠病毒的第一个溢出地点。在对华南海鲜市场当时所有动物产品上下游供应链进行分析后，研究人员发现，穿山甲可能是新冠病毒的潜在中间宿主，进而演化成适应人与哺乳动物共患的新型冠状病毒。