眨眼睛时眼睛内边痛可能由多种原因引起。比如，眼部感染就是常见原因之一，像细菌性结膜炎，约有10%-20%的人可能会因为细菌感染出现这种情况。
眼部感染因素
结膜炎： 除了细菌性结膜炎，病毒性结膜炎也会导致眨眼睛时眼内边痛。病毒性结膜炎具有较强传染性，接触患者的分泌物等就可能被感染。角膜炎： 角膜炎也会引发此症状，比如细菌性角膜炎，多是眼部受到外伤或者长期佩戴隐形眼镜不注意卫生等情况引起，患者会有明显的眼痛、畏光、流泪等表现。
眼部异物刺激
灰尘等异物： 如果眼睛里进了灰尘、沙粒等异物，眨眼睛时就会刺激眼内边，导致疼痛。比如在风沙大的环境中，就容易有异物进入眼睛的情况。睫毛倒长： 有些人睫毛生长异常，出现倒长的情况，睫毛会刺激眼内组织，引起眨眼睛时疼痛。儿童如果存在眼睑内翻等情况，就可能导致睫毛倒长。
眼疲劳因素
长时间用眼： 长时间使用电子设备，像连续看手机、电脑超过1-2小时，就容易引起眼疲劳，进而出现眨眼睛时眼内边痛的情况。尤其是青少年，长期学习用眼，更容易发生眼疲劳。用眼环境不佳： 在光线过强或者过暗的环境下用眼，也会加重眼疲劳，导致眨眼睛时眼内不适。比如在昏暗的灯光下看书写字，就不利于眼睛健康。
其他原因
干眼症： 干眼症患者泪液分泌不足或者泪液蒸发过快，眼睛处于干涩状态，眨眼睛时也会有眼内边痛的感觉。尤其是中老年人群，患干眼症的几率相对较高。过敏因素： 眼部接触过敏原，如花粉、化妆品等，引发过敏反应，也可能出现眨眼睛时眼内边痛的情况。过敏体质的人更容易发生这种情况。