传染性软疣主要通过局部治疗来去除疣体，一般可以在医院由医生操作。比如用镊子将软疣小体挤出或挑出，然后外涂碘酊等进行处理。
物理治疗方法
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣疣体刮除，操作时要彻底清除干净，术后局部可能会有轻微的出血等情况，一般处理后注意保持局部清洁即可。冷冻治疗： 利用低温的液氮使疣体组织坏死脱落。通常需要多次治疗，每次冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，一般冷冻后要避免沾水，防止感染。
局部药物治疗
外用抗病毒药物： 可以使用维A酸软膏等，不过起效相对较慢，需要持续使用一段时间。维A酸软膏能调节表皮细胞的分化和增殖，对软疣可能有一定的作用，但使用时要注意避免接触正常皮肤。斑蝥素： 有一定的腐蚀性，能使疣体坏死脱落，但使用时要严格按照医生指导，因为它对正常皮肤也有刺激作用。
预防与注意事项
避免搔抓： 传染性软疣具有传染性，搔抓疣体后可能会自身接种，导致皮疹增多。所以要尽量避免搔抓患病部位。注意个人卫生： 保持皮肤清洁，勤换衣物。不与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止传染给他人。增强免疫力： 平时要注意均衡饮食，适当运动，保证充足睡眠，以提高身体的免疫力，有助于身体对软疣的抵抗。如果是儿童患病，家长要特别注意孩子的个人卫生和行为习惯，防止病情加重或传播给其他儿童。