小儿发烧灌肠可能存在一些副作用。一般来说，小儿发烧灌肠常见的副作用与药物刺激、操作不当等因素有关。
药物方面的副作用
药物吸收问题：灌肠所用药物的吸收可能不太稳定。比如某些退烧药通过灌肠给药，可能不像口服或静脉给药那样能精准控制药物的吸收速度和程度。而且不同孩子对灌肠药物的反应差异较大，有的孩子可能出现药物吸收过快，导致短时间内体温骤降，引发孩子不适。药物过敏风险：部分小儿可能对灌肠所用的药物成分过敏。虽然相对口服给药，灌肠引起过敏的概率可能因药物而异，但一旦发生过敏，可能出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状，严重的甚至会危及生命。
操作过程中的副作用
局部损伤风险：灌肠操作时，如果医护人员操作不熟练，可能会损伤小儿的直肠黏膜。例如，插入灌肠管时力度过大、角度不合适等，就可能造成直肠黏膜的擦伤、出血等情况。而且频繁灌肠还可能破坏直肠正常的生理环境，影响肠道的正常功能。肠道刺激反应：灌肠过程中注入的液体以及药物可能会刺激肠道，引起小儿腹痛、腹泻等症状。尤其是对于肠道比较敏感的小儿，这种刺激可能更为明显，导致孩子出现哭闹不安等情况。
对小儿身体整体影响
水电解质紊乱风险：如果灌肠使用了大量的液体或者频繁灌肠，可能会影响小儿的水电解质平衡。比如大量液体进入肠道后被吸收，可能导致小儿出现水电解质紊乱，表现为脱水、电解质失衡等，严重时会影响小儿的脏器功能。干扰正常医疗判断：小儿发烧灌肠后，可能会影响医生对小儿病情的准确判断。因为灌肠可能会使小儿体温暂时变化，掩盖真实的病情发展情况，从而干扰医生对小儿后续治疗方案的制定。例如，灌肠后体温暂时下降，可能让医生误以为病情好转，而实际上病情可能还在进展。