子宫畸胎瘤的形成目前尚未完全明确，一般认为可能与生殖细胞异常分化等因素有关。
一、原始生殖细胞异常分化
原始生殖细胞在发育过程中出现异常分化是可能导致子宫畸胎瘤形成的因素之一。原始生殖细胞具有多向分化潜能，正常情况下会按照特定的程序分化发育，但如果在某个阶段受到某些未知因素干扰，就可能出现异常分化，进而形成包含多种组织成分的畸胎瘤。比如在胚胎发育早期的某些偶然事件，可能影响了原始生殖细胞的正常分化路径。
二、胚胎期组织异位种植
有观点认为胚胎期某些组织可能出现异位种植情况。在胚胎发育过程中，一些组织细胞本应在特定部位生长，但由于某种原因异位到了子宫部位，这些异位的组织细胞在后续发育中逐渐增殖分化，有可能形成子宫畸胎瘤。例如，胚胎时期的一些间充质细胞等异位种植到子宫内，随着时间推移不断生长发育，最终形成包含多种组织的畸胎瘤结构。
三、遗传因素相关
部分研究提示遗传因素可能参与子宫畸胎瘤的形成。某些遗传性的基因变异可能会增加发生子宫畸胎瘤的风险。虽然具体的相关基因尚未完全明确，但有家族聚集性倾向的情况提示遗传背景在其中可能起到一定作用。如果家族中有亲属患有子宫畸胎瘤，那么其他家族成员相对来说发生子宫畸胎瘤的风险可能会高于普通人群，但这也不是绝对的，只是存在一定的遗传易感性。
四、内分泌因素影响
内分泌因素也可能对子宫畸胎瘤的形成产生影响。女性体内的激素水平变化可能会作用于生殖细胞相关的组织，影响其分化和生长状态。例如雌激素、孕激素等激素水平的异常波动，可能干扰原始生殖细胞的正常发育过程，使得其出现异常分化的几率增加，从而增加子宫畸胎瘤形成的可能性。不过目前关于内分泌因素具体如何精准作用于子宫畸胎瘤形成的机制还需要进一步深入研究来明确。