急性疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒感染引起，以柯萨奇A组病毒为常见，偶尔也有其他肠道病毒感染引起。其主要传播途径为粪-口传播或呼吸道飞沫传播，也可经接触患者口鼻分泌物、疱疹液及被污染的手和物品等造成传播。此外，还可通过被污染的食物、水等传播。人群普遍易感，多见于1~7岁儿童，尤其以5岁以下儿童更为多见。全年均可发病，夏秋季为高发季节。
针对肠道病毒感染，目前并无特效的抗病原体治疗药物，主要为对症或支持治疗。临床常用的药物包括利巴韦林、干扰素等抗病毒药物，以及布洛芬、对乙酰氨基酚等解热镇痛药。在发病期间，患儿应注意隔离，避免交叉感染。同时，保持口腔清洁，可使用淡盐水漱口。饮食上应选择清淡、易消化的食物，避免食用辛辣、刺激性食物。此外，还应注意休息，避免劳累。
预防急性疱疹性咽峡炎的关键是保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、保持口腔清洁等。同时，应避免接触患者及其使用过的物品。在疾病高发季节，尽量避免带儿童前往人群密集的场所。此外，还可通过接种疫苗来预防肠道病毒感染。