大拇指指甲凹陷可能是由以下原因引起的：
1.营养不良：指甲是由蛋白质组成的，如果身体缺乏蛋白质、维生素或矿物质等营养物质，指甲就可能会出现凹陷、变薄、易碎等问题。
2.感染：指甲周围的皮肤感染，如甲沟炎、灰指甲等，可能会导致指甲变形、凹陷。
3.外伤：大拇指受到外伤，如挤压、撞击等，可能会导致指甲下的组织受损，从而引起指甲凹陷。
4.疾病：某些疾病也可能导致指甲凹陷，如银屑病、扁平苔藓、斑秃等。
5.遗传：有些人的指甲天生就比较脆弱，容易出现凹陷、变薄等问题，这可能与遗传有关。
如果发现大拇指指甲凹陷，建议及时就医，进行相关检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的营养摄入、避免外伤、注意个人卫生等也有助于预防指甲问题的发生。