月经干净3天后出现褐色分泌物、腰疼，可能与以下因素有关。
1.排卵期出血：如果月经周期规律，在月经干净3天后，正处于排卵期，此时体内激素水平波动，可能导致子宫内膜部分脱落，引起少量出血，血液在阴道内被氧化，可表现为褐色分泌物。同时，排卵时可能会刺激腰部的腹膜，导致腰疼。排卵期出血和腰疼通常是正常的生理现象，一般不需要特殊治疗，注意休息即可。
2.妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤、子宫内膜异位症等，都可能导致月经间期出血、腰疼等症状。此外，盆腔炎等疾病也可能引起腰部疼痛。
3.内分泌失调：如黄体功能不足、多囊卵巢综合征等，可能导致月经周期紊乱，出现月经干净后又有褐色分泌物的情况，同时伴有腰疼、乏力等症状。
4.其他：放置宫内节育器、子宫内膜息肉、宫颈癌等也可能导致类似症状。
如果褐色分泌物持续时间较长、出血量较多，或伴有其他不适症状，如腹痛、性交痛、发热等，应及时就医，进行相关检查，如超声、激素六项、妇科检查等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。此外，平时应注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，注意腹部保暖。如果有妇科疾病，应及时治疗，以免病情加重。