肛瘘手术的痛苦程度因人而异，一般来说，现在随着医疗技术的发展，多数患者在手术过程中通过麻醉等手段可以减轻痛苦，术后通过规范的护理等也能较好地缓解不适。
手术过程中的情况
麻醉方式影响痛苦感受： 常用的麻醉方式有局部麻醉、椎管内麻醉（腰麻、硬膜外麻醉等）和全身麻醉。局部麻醉时，患者在手术过程中意识清醒，但手术部位会失去痛觉；椎管内麻醉和全身麻醉则能让患者在手术时基本感觉不到疼痛。比如对于一些简单的肛瘘手术，局部麻醉就可以完成，患者在手术中能配合医生，但能感觉到手术操作，但不会有明显疼痛。
术后疼痛情况及缓解
术后早期疼痛： 术后麻醉药效消退后，会出现疼痛。一般来说，术后1 - 2天疼痛相对较为明显。不过现在有多种镇痛措施，比如可以使用镇痛泵来持续缓解疼痛。镇痛泵能根据设定的剂量持续为患者输送镇痛药物，有效减轻术后的疼痛感觉。疼痛程度与肛瘘复杂程度相关： 单纯性的肛瘘手术相对复杂性肛瘘手术术后疼痛会轻一些。复杂性肛瘘因为病变范围广，手术创伤相对大，术后疼痛可能会稍重，但也会通过合理的镇痛方案来控制。
术后恢复过程中的不适
创面换药引起的不适： 肛瘘术后需要定期换药，换药时会对创面产生刺激，引起一定的不适。不过现在换药时会使用一些止痛的凝胶等辅助药物来减轻这种不适。一般来说，经过1 - 2周的恢复，创面逐渐愈合，换药时的不适也会明显减轻。活动对疼痛的影响： 术后患者活动时也可能会引起疼痛，比如坐立、行走等。但随着创面的逐渐恢复，这种因活动引起的疼痛会慢慢缓解。患者在术后需要注意适当休息，避免剧烈活动，以利于创面的恢复，减轻疼痛带来的影响。