胚胎不好的原因有多种。据相关医学研究，染色体异常是导致胚胎不好的常见原因之一，约50% - 60%的早期自然流产是由染色体异常引起的，包括染色体数目异常和结构异常。
母体因素影响
内分泌失调： 母体的内分泌系统对胚胎发育至关重要。例如，黄体功能不全时，黄体分泌的孕酮不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的子宫内环境，从而影响胚胎正常发育。一般来说，女性体内孕酮水平低于一定数值时，就可能增加胚胎不好的风险。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫肌瘤会影响子宫腔的形态和内膜血供，若肌瘤较大或位置特殊，会干扰胚胎着床；子宫内膜息肉也会对胚胎着床产生不利影响，降低胚胎种植的成功率。
环境因素作用
化学物质接触： 长期接触一些化学物质也可能导致胚胎不好。比如，长期接触苯、甲醛等有害物质，会影响生殖细胞的质量和胚胎的发育过程。有研究表明，在含有较高浓度化学污染物的环境中工作或生活的人群，胚胎异常的发生率会明显升高。辐射暴露： 过量的辐射也会对胚胎造成损害。孕妇如果接受过高剂量的 X 射线等辐射，会影响胚胎细胞的分裂和分化，增加胚胎不好的可能性。比如在非必要的情况下进行多次腹部 X 光检查，就可能增加胚胎出现问题的风险。
男方因素影响
精子质量问题： 男性精子的质量也与胚胎好坏密切相关。精子染色体异常、精子活力低下等都会影响受精过程和胚胎的发育。一般来说，精子的正常形态率低于一定比例时，受孕后胚胎不好的概率会增加。例如，精子正常形态率低于4%时，胚胎发育异常的风险显著提高。