儿童隐性脊柱裂主要是胚胎发育过程中出现异常引起的。在胚胎发育的早期，也就是怀孕的前几周，神经管闭合过程出现障碍，就可能导致隐性脊柱裂。一般来说，这种神经管闭合异常的情况有一定的遗传易感性，同时如果孕妇在孕期受到一些不良因素影响，比如缺乏叶酸等，也会增加胎儿出现隐性脊柱裂的风险。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有研究发现，如果家族中有亲属患有隐性脊柱裂，那么儿童发生隐性脊柱裂的风险会比普通人群高一些。虽然具体的遗传机制还在研究中，但遗传因素是一个重要的相关方面。比如家族中如果曾有长辈患隐性脊柱裂，那么下一代需要更密切关注胎儿发育情况。基因变异影响： 某些特定基因的变异可能会干扰神经管的正常闭合。目前已经发现一些与神经管发育相关的基因，当这些基因发生突变或变异时，就可能导致隐性脊柱裂的发生。不过不同的基因变异对隐性脊柱裂的影响程度有所不同。
孕期不良因素影响
叶酸缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏叶酸，会显著增加胎儿神经管畸形的发生风险，其中就包括隐性脊柱裂。一般建议孕妇从孕前3个月开始补充叶酸，每天补充量通常在0.4 - 0.8毫克。如果孕妇在孕期没有保证足够的叶酸摄入，胎儿神经管闭合就可能出现问题，进而引发隐性脊柱裂。接触有害化学物质： 孕妇在孕期接触一些有害的化学物质，像某些农药、工业污染物等，也可能影响胎儿神经管的发育，导致隐性脊柱裂。例如长期处于有农药污染环境中的孕妇，胎儿发生神经管畸形的概率会升高。
其他环境因素
孕期感染： 孕妇在孕期感染某些病毒，比如风疹病毒等，也可能对胎儿神经管发育产生不良影响，增加隐性脊柱裂的发生风险。孕期如果感染风疹病毒，病毒可能通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，干扰神经管的正常闭合过程。辐射影响： 孕期受到大剂量的辐射，也可能导致胎儿神经管发育异常。比如在放射科工作的孕妇，如果没有做好防护措施，长期接触一定剂量的辐射，就可能增加胎儿出现隐性脊柱裂的可能性。不过一般日常的医疗检查辐射剂量通常在安全范围内，不会造成影响。