三个月宝宝鼻塞能否自愈，取决于鼻塞的原因。一般来说，如果是轻微的鼻塞，没有其他不适症状，宝宝可能会在1~2周内自愈。以下是一些可能导致宝宝鼻塞的原因和相应的建议：
1.鼻腔分泌物堵塞：宝宝的鼻腔比较狭窄，容易积聚分泌物，如鼻涕、鼻屎等。如果分泌物不多，可以用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化并稀释分泌物，然后用吸鼻器吸出。如果分泌物较多，可以用消毒棉签轻轻擦拭。
2.过敏：如果宝宝对空气中的某些物质过敏，如花粉、尘螨、动物毛发等，可能会引起鼻塞、流涕、打喷嚏等症状。这种情况下，需要避免接触过敏原，保持室内清洁通风，使用空气净化器等。如果症状严重，可以在医生的指导下使用抗过敏药物。
3.感冒：感冒是引起宝宝鼻塞的常见原因之一。除了鼻塞外，还可能伴有咳嗽、发热、流涕等症状。如果症状不严重，可以给宝宝多喝水，注意保暖，观察病情变化。如果症状持续加重或出现其他异常，应及时就医。
4.鼻腔结构异常：有些宝宝可能存在鼻腔结构异常，如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大等，这可能导致鼻塞长期存在。这种情况下，需要就医进行详细的检查和治疗。
需要注意的是，如果宝宝鼻塞伴有呼吸急促、呼吸困难、吃奶差、哭闹不安等异常表现，或者鼻塞持续时间较长，建议及时就医，以排除其他潜在的疾病。同时，在宝宝鼻塞时，不要用手或棉签等强行挖取分泌物，以免损伤鼻粘膜。