CT和核磁共振都是常见的影像学检查手段，但它们有明显区别。一般来说，CT检查费用相对较低，普通CT平扫大概几百元，而核磁共振检查费用通常较高，一般在几百到上千元不等。
成像原理：
CT：是利用X射线对人体进行断层扫描，通过计算机处理后重建图像。它是利用不同组织对X射线吸收系数的差异来成像。比如，骨骼对X射线吸收多，在CT图像上显示为白色；脂肪组织吸收少，显示为黑色。核磁共振：则是利用人体内氢原子核在磁场中的共振现象来成像。当人体处于强大磁场中时，氢原子核会吸收能量发生共振，然后在射频脉冲停止后释放能量，被接收线圈探测到，再经过计算机处理形成图像。它对软组织的分辨力比CT高。
适用范围：
CT：适合用于检查骨骼的病变，像骨折、骨质增生等；也能快速判断肺部的情况，比如肺炎、肺结节、肺癌等；对于颅脑外伤导致的颅骨骨折、颅内出血等急诊情况，CT能迅速给出结果。一般来说，在急诊创伤的初步评估中，CT应用较多。核磁共振：在神经系统方面，对脑部的肿瘤、脑血管病变（如脑梗死的早期诊断）、脊髓病变等诊断价值高；在关节部位，对膝关节的半月板损伤、韧带损伤，肩关节的肩袖损伤等软组织损伤的诊断更清晰；对于腹部的一些实质性器官，像肝脏、肾脏的肿瘤等也有很好的诊断作用，但对于肺部含气组织的观察不如CT。
辐射与安全：
CT：存在辐射，虽然单次检查的辐射剂量在安全范围内，但频繁的CT检查可能会增加辐射致癌的潜在风险。不过，对于一些急症，权衡利弊后还是需要及时进行CT检查。核磁共振：没有辐射，相对更安全。但体内有金属植入物的人不能做核磁共振，比如心脏起搏器、金属关节、金属植入的钢板等，因为磁场可能会影响金属植入物的位置，导致不良后果。而且，核磁共振检查时间相对较长，对于躁动不安或者不能配合的患者可能不太适用。