颅底凹陷常常会造成后颅窝的容积相对狭小，所以常常会压迫后颅窝以及枕骨大孔附近的神经结构，出现一系列的症状。常见的症状有颈神经根的刺激症状，表现为颈枕部的慢性疼痛、感觉减退、上肢麻木、肌肉萎缩、腱反射降低或者消失。
后组颅神经受累症状主表现为声音嘶哑、舌肌萎缩、言语不清和吞咽困难等。颈髓和延髓受压症状，常常会出现四肢乏力、瘫痪、感觉障碍、病理征阳性、吞咽和呼吸困难等。
脑部的症状常表现为眼震、小脑性共济失调、椎动脉供血障碍所引起的这种症状。患者可以出现眩晕、视力障碍、吞咽困难、恶心、呕吐、共济失调等。
颅内压增高的症状，患者可以出现剧烈的头痛，甚至因为枕骨大孔疝而出现呼吸停止。