消化不良时可以食用的益生菌有双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等。
1.双歧杆菌四联活菌片：是一种复方制剂，主要成分有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人体具有潜在危害的菌类。常用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良。
2.枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊：含有两种活菌——屎肠球菌和枯草杆菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。适用于消化不良、食欲不振、营养不良，肠道菌群紊乱引起的腹泻、便秘、腹胀、肠道内异常发酵、肠炎，使用抗生素引起的肠粘膜损伤等。
3.地衣芽孢杆菌活菌胶囊：主要用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻。也可用于其他原因（如长期服用广谱抗生素）引起的肠道菌群失调的防治。