引起睡觉起来头疼的原因有很多，以下是一些常见的原因：
1.睡眠呼吸暂停综合征：这是一种在睡眠中反复发生呼吸暂停或低通气的疾病，会导致间歇性缺氧和二氧化碳潴留，从而引起头疼。
2.周期性肢体运动障碍：这种疾病会导致睡眠中周期性地出现腿部或足部的不自主运动，可能会干扰睡眠质量，引起头疼。
3.睡眠环境不适：睡眠环境温度过高、过低、噪音过大、光线过强等都可能影响睡眠质量，导致头疼。
4.睡眠不足或过度：睡眠不足或过度都会影响睡眠质量，导致头疼。
5.饮食因素：饮酒、咖啡、巧克力等食物可能会影响睡眠质量，导致头疼。
6.药物副作用：某些药物可能会影响睡眠质量，导致头疼。
7.其他健康问题：如颈椎病、高血压、贫血、青光眼等疾病也可能导致睡觉起来头疼。
如果经常出现睡觉起来头疼的情况，建议及时就医，进行全面的身体检查和评估，以确定具体的原因，并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的睡眠习惯也是预防头疼的重要措施，建议保持规律的睡眠时间，避免熬夜和过度疲劳；保持舒适的睡眠环境，温度适宜、安静、黑暗；避免饮酒、咖啡、巧克力等食物；定期进行身体锻炼等。对于一些特殊人群，如孕妇、老年人、患有慢性疾病的人群等，睡觉起来头疼可能需要更加注意，建议及时就医，以确保健康。