HPV感染后多数人没有明显症状，约70%-80%的人感染后会在1-2年内靠自身免疫力清除病毒，不引起病变。但少部分人会出现症状。
皮肤低危型HPV感染表现
寻常疣：表现为黄豆大小或更大的丘疹，表面粗糙，摸起来坚硬，呈灰黄、棕黄或污灰色，数目不等。好发于手部，比如手指、手背等部位。扁平疣：一般为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，表面光滑，质硬，浅褐色或正常肤色，多骤然出现，数目较多且密集。好发于面部、手背、前臂等部位。
皮肤高危型HPV感染表现
鲍温样丘疹病：表现为多个或单个色素性扁平丘疹，呈圆形、椭圆形或不规则形，直径2-10mm，可融合成大的斑块。好发于男性的阴茎、阴囊和女性的大小阴唇、肛周等部位。
黏膜低危型HPV感染表现
生殖器疣（尖锐湿疣）：初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。颜色可为红色、污灰色或正常肤色。好发于生殖器及肛门周围等部位，有过不洁性行为的人更易发生。
黏膜高危型HPV感染表现
宫颈癌：早期可能没有明显症状，随着病情发展，可能出现阴道流血，年轻患者常表现为接触性出血（如性生活后或妇科检查后出血），老年患者常为绝经后不规则阴道流血；阴道排液增多，可为白色或血性，稀薄如水样或米泔状，有腥臭。晚期患者可出现尿频、尿急、便秘、下肢肿痛等症状。