脑血栓手术的风险是非常大，而且每一种手术的方法，所对应的风险也都是不同的。如果是脑血栓，实行的是支架植入手术，相对比较简单，但是风险最大的血栓的脱落，从而更加加重脑血栓的形成。
再有，脑血栓因为颈动脉斑块的因素造成，要做颈动脉内膜剥脱手术，风险在于全身麻醉，以及剥离的过程当中，可能会存在有颈动脉窦迷走综合征等相应的情况，这样也会对心脏产生非常大的影响，脑血栓时行取栓治疗，手术风险就会诱发出血，以及后期的脑血栓再次加重的相关风险。
但是不论任何手术，总体效果还是可以，只要有一定的症状和体征，符合手术标准，都建议手术治疗。