大小便失禁，可能是因脊髓控制的低级中枢，和大脑控制的高级中枢受到损伤引起。患者有可能也会因迟发性一氧化碳中毒性脑病，导致大脑前动脉损伤、旁中小叶脑梗死，从而引起大小便失禁。
大小便失禁也可能是因为脑外伤、脑肿瘤、脑梗死、脊髓肿瘤、脊髓肿瘤等神经系统病变，大脑不能自主控制大小便导致大小便失禁。
如果患者患有肛管直肠、肿瘤直肠癌、肛管癌等肛管直肠疾病，导致直肠脱垂、肛门松弛，肛周的严重瘢痕抑制肛门括约肌的功能，导致肛门闭锁不全也会引起大小便失禁。
如果肛门、直肠本身结构发生变化，或者肛门、直肠畸形，导致内括约肌和外括约肌紊乱，也会引起大小便失禁。