有胎心后胎停最大原因之一是胚胎染色体异常，约占50%~60%。胚胎染色体异常可能是父母生殖细胞在减数分裂时发生突变，或者受外界不良因素影响导致染色体数目或结构异常，从而影响胚胎正常发育，最终引发胎停。
母体因素影响
内分泌失调： 比如黄体功能不全，怀孕后黄体分泌的孕酮不足，孕酮对维持妊娠至关重要，它能保证子宫平滑肌松弛，利于胚胎着床发育，孕酮不足就可能导致胎停。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺激素分泌过多或过少都会干扰胚胎的正常生长环境。自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，使胚胎得不到充足的营养和氧气供应，进而引发胎停。抗磷脂综合征也是如此，会导致胎盘血管血栓形成，阻碍胚胎发育。
子宫环境问题
子宫解剖结构异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，子宫腔形态异常，胚胎着床后生长空间受限，不利于胚胎正常发育。宫腔粘连也会有影响，宫腔粘连会使子宫内膜受损，变薄，影响胚胎的着床和营养吸收，增加胎停风险。子宫肌瘤： 较大的子宫肌瘤会改变子宫内环境，压迫胚胎着床部位，影响血液循环，干扰胚胎的正常发育过程，尤其是黏膜下子宫肌瘤对胚胎的影响更为明显。
外界不良因素干扰
环境因素： 长期接触有害化学物质，如苯、甲醛等，这些物质会通过胎盘影响胚胎发育，导致胎停。孕妇长期处于高辐射环境中，如经常接触X射线等，也可能引起胚胎染色体突变，引发胎停。不良生活习惯： 孕妇过度吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胚胎造成毒害，影响胚胎的正常生长发育。孕妇长期熬夜，会打乱自身的生物钟，影响内分泌系统和身体的新陈代谢，从而增加胎停的可能性。