怀孕40天B超看不到可能是以下原因所致：
1.受孕时间较短：受精卵可能还没有到达子宫，或者还没有发育到可以通过B超检测到的阶段。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，这种情况下B超也无法看到孕囊。
3.胚胎发育不良：如果孕囊发育缓慢或存在其他问题，也可能导致B超无法检测到。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等也可能影响B超的检测结果。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合患者的具体症状、体征以及其他检查结果来综合判断。如果怀孕40天B超看不到，医生可能会建议进行进一步的检查，如血HCG检测、孕酮检测、阴道超声等，以明确诊断。如果确诊为宫外孕，需要及时治疗，以避免发生危险。如果是其他原因导致的看不到孕囊，医生会根据具体情况给出相应的建议和处理方案。
在等待检查结果的过程中，患者应保持良好的心态，注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。同时，应遵循医生的建议，按时进行检查和治疗。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。