新生儿把屎把尿存在诸多危害。首段来说，新生儿把屎把尿可能会影响其脊柱发育，有研究表明不当的把屎把尿方式可能导致新生儿脊柱生理性弯曲难以正常形成。
影响脊柱发育
骨骼发育未成熟：新生儿的脊柱非常柔软，骨骼还处于发育阶段。把屎把尿时，若姿势不当，会对脊柱产生不正常的压力，容易影响脊柱正常的生理弯曲形成，长期如此可能埋下脊柱发育不良的隐患。破坏生理结构：新生儿的脊柱有颈曲、胸曲、腰曲和骶曲四个生理弯曲，自然状态下是符合人体力学的。而把屎把尿时强迫新生儿采取不自然的姿势，会干扰这些生理结构的正常形成。
影响髋关节发育
髋关节未稳固：新生儿的髋关节还未完全发育稳固，把屎把尿时如果把腿分开的幅度不合适，会增加髋关节脱位的风险。比如过度分开双腿进行把屎把尿，就可能使髋关节周围的韧带等组织受到不良牵拉，影响髋关节正常发育。增加脱位几率：有相关医学观察发现，不当的把屎把尿方式会使新生儿髋关节承受异常外力，进而提高髋关节脱位的发生概率，这对新生儿的健康是不利的。
干扰自主排便意识培养
阻碍神经发育：新生儿需要在成长过程中逐渐建立自主排便的意识，而把屎把尿是一种外界强制的排便干预方式，会干扰新生儿自身神经对排便信号的感知和发育。长期依赖把屎把尿，会让新生儿难以形成自主感知便意的能力，不利于其正常的神经功能发育。延迟自主控制：正常情况下，新生儿在4 - 6个月后才开始逐渐具备自主控制排便的能力，若过早进行把屎把尿，会延迟这个自主控制能力形成的时间，影响新生儿自身生理功能的成熟进程。