副鼻窦炎的治疗药物需根据病情选择，一般常用药物包括抗生素、鼻用糖皮质激素等。比如急性细菌性副鼻窦炎可能会用到抗生素，通常疗程可能在10天左右。
抗生素类药物
青霉素类： 如果患者对青霉素不过敏，急性副鼻窦炎细菌感染初期可考虑使用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，它能抑制细菌细胞壁合成，起到杀菌作用。头孢菌素类： 头孢呋辛酯等二代头孢菌素也常用于副鼻窦炎治疗，对常见的引起副鼻窦炎的病原菌有较好抗菌活性，可干扰细菌细胞壁合成。
鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，一般每天使用1次，每次每侧鼻孔喷适量。布地奈德鼻喷雾剂： 同样属于鼻用糖皮质激素，可降低鼻黏膜血管通透性，减轻水肿，改善鼻腔通气和引流。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛活性，增加黏液分泌，使黏液易于排出，有助于改善副鼻窦炎患者的黏液引流情况。标准桃金娘油肠溶胶囊： 能调节黏液分泌，并扩张支气管，促进呼吸道黏膜纤毛运动，使脓性分泌物排出。
减充血剂
羟甲唑啉鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜充血肿胀，缓解鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天，长期使用可能导致药物性鼻炎。赛洛唑啉鼻用喷雾剂： 也可收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞，但同样有使用疗程限制，避免长期滥用。