肾结石频繁痛主要是因为结石刺激尿路黏膜，导致平滑肌痉挛或者结石移动损伤尿路引起的。一般来说，当肾结石在肾盂或输尿管内移动时，就容易引发疼痛，这种疼痛可能会反复出现。
结石移动刺激
结石位置变化：肾结石在肾脏内活动，当它从肾盂掉到输尿管里，或者在输尿管内移动时，会刺激输尿管平滑肌，引起强烈的痉挛性疼痛。比如结石直径在0.5 - 1厘米左右时，就比较容易在尿路中移动，从而频繁引发疼痛。摩擦损伤黏膜：结石表面不光滑，在移动过程中会摩擦尿路黏膜，导致黏膜损伤，进而引起疼痛。而且这种摩擦会持续刺激神经末梢，让疼痛反复出现。
梗阻引发积水
造成尿路梗阻：较大的肾结石可能会堵塞输尿管，使尿液排出受阻，肾脏内的尿液积聚，造成肾盂积水。随着积水越来越多，肾脏包膜受到牵拉，也会引发疼痛，而且这种梗阻导致的疼痛往往会频繁发作。例如结石直径大于1厘米时，梗阻的可能性就明显增加，疼痛也更容易频繁出现。积水导致感染：尿路梗阻还容易引起泌尿系统感染，感染会进一步刺激尿路，加重疼痛，使疼痛频繁发生。一旦发生感染，炎症会持续刺激尿路黏膜，让疼痛反复出现。
个体差异影响
神经敏感程度：不同人对疼痛的敏感程度不一样。有些人神经比较敏感，即使结石很小，也会觉得疼痛频繁且明显。比如本身有神经病变的患者，对肾结石引起的疼痛感知更敏锐，疼痛更容易频繁发作。身体代谢状况：如果患者代谢紊乱，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常，就容易再次形成结石，从而导致疼痛频繁出现。像尿酸代谢异常的人，比一般人更易反复长尿酸结石，疼痛也就会频繁发作。