肛裂的发病原因主要与肛管局部解剖结构、感染、肛管压力异常、内括约肌痉挛等因素有关。
1.肛管局部解剖结构：肛管外括约肌浅部在肛管后方形成肛尾韧带，较坚硬，伸缩性差，且肛管后方承受压力较大，故肛裂的裂口较深，且不易愈合。
2.感染：齿状线附近的慢性炎症，如后正中处的肛窦炎，向下蔓延而致皮下脓肿，破溃而成为肛裂。
3.肛管压力异常：干硬的粪便或异物容易引起肛管皮肤的损伤，这是引起肛裂的主要因素。
4.内括约肌痉挛：肛裂患者有不正常的肛管静息压增高，可引起肛管内压力增高，如此时肛门的舒展性不够，当干硬的粪便通过时，会产生裂口。