三个月宝宝干呕可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。以下是一些可能的原因：
1.正常的生理现象：
宝宝的胃容量较小，且呈水平位，贲门口相对较松，吃奶时容易吸入空气，导致胃内气体积聚，引起干呕。
宝宝的食管肌肉发育不完善，吞咽时容易引起干呕。
宝宝的口腔和咽喉部比较敏感，受到刺激时容易引起干呕，如食物、药物、口腔炎症等。
2.疾病因素：
上呼吸道感染：宝宝上呼吸道感染时，可能会出现鼻塞、流涕、咳嗽等症状，同时也可能会引起干呕。
消化不良：宝宝消化不良时，可能会出现腹胀、腹痛、恶心、呕吐等症状，也可能会引起干呕。
胃炎：宝宝胃炎时，可能会出现恶心、呕吐、腹痛等症状，也可能会引起干呕。
其他：宝宝患有其他疾病，如肝炎、肺炎等，也可能会引起干呕。
如果宝宝干呕持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，家长在护理宝宝时，应注意以下几点：
1.喂奶时应注意姿势，避免宝宝吸入过多空气。
2.喂奶后应及时拍嗝，帮助宝宝排出胃内气体。
3.注意宝宝的口腔卫生，及时清理口腔内的分泌物。
4.避免给宝宝喂食过多或过杂的食物，以免引起消化不良。
5.保持宝宝的生活环境清洁卫生，避免感染。