肉芽组织是由新生薄壁的毛细血管以及增生的成纤维细胞构成，并伴有炎性细胞浸润，起着重要的作用。一般来说，肉芽组织有抗感染保护创面、填补创口及其他组织缺损、机化或包裹坏死、血栓、炎性渗出物及其他异物等功能。
抗感染保护创面
肉芽组织内的巨噬细胞和中性粒细胞能吞噬细菌及组织碎片，杀灭细菌、清除异物，保护创面，为组织修复创造良好的条件。例如在皮肤擦伤等浅表伤口，肉芽组织中的炎性细胞会迅速发挥作用，抵御可能入侵的病菌，防止伤口感染加重。
填补创口及其他组织缺损
新生的毛细血管向创面垂直生长，在损伤后2 - 3天开始出现，随着时间推移不断增生。成纤维细胞持续产生胶原纤维，使肉芽组织逐渐填充创口或其他组织缺损。比如手术切口，肉芽组织会从伤口底部和边缘长入，填补原本组织缺失的空间，为组织的修复和重建提供基础结构。
机化或包裹坏死、血栓、炎性渗出物及其他异物
肉芽组织可以将坏死组织、血栓、炎性渗出物以及其他异物逐渐机化。例如当局部有血肿形成时，肉芽组织会慢慢长入血肿中，把血液凝固形成的血栓等包裹起来并逐渐分解吸收，使受伤部位逐渐恢复正常的组织结构和功能。当出现局部组织的坏死灶时，肉芽组织也会向坏死区域生长，将坏死物质包裹，然后通过自身的代谢等过程将其清除，为健康组织的生长创造环境。