附子理中丸是常用的温中健脾中成药，但也可能存在一些副作用。一般来说，正常按照医嘱服用时副作用相对较少，但如果用药不当可能出现以下情况。
胃肠道方面的可能反应
胃部不适： 个别人服用附子理中丸后可能出现胃部灼烧感，有研究显示约5% - 10%的人在首次服用或过量服用时会有这种情况，表现为服药后觉得胃部有发热、发烫的异样感觉。恶心呕吐： 少数人用药后可能出现恶心，严重时会伴随呕吐症状，尤其本身胃肠功能较弱的人更容易发生。
对神经系统的潜在影响
头痛头晕： 有极少数人服用附子理中丸后会出现头痛、头晕的情况，大概发生率在1%左右。可能是药物成分对神经系统产生了一定刺激，从而引发头部不适症状。嗜睡： 个别敏感人群可能会出现嗜睡现象，感觉比平时容易困倦，这可能与药物对中枢神经系统的作用有关，但发生概率较低。
过敏相关表现
皮肤瘙痒： 过敏体质者有可能对附子理中丸中的某些成分过敏，服用后出现皮肤瘙痒症状，皮肤会有瘙痒感，搔抓后可能出现小红疹等。皮疹： 严重的过敏反应可能表现为皮疹，皮肤上出现大小不等的红色斑疹、丘疹等，这是身体对药物成分产生免疫反应的外在表现。不过附子理中丸引起过敏的情况相对较少，大概在0.5%以下，但一旦发生需立即停药并就医。