克罗恩病的诊断有几个关键标准。一般来说，临床上常用的有蒙特利尔分类标准、内镜表现标准以及组织病理学标准等。
蒙特利尔分类标准
发病年龄： 克罗恩病可发生于不同年龄段，儿童和青少年相对常见，发病年龄可分为 < 16岁、16 - 40岁、> 40岁等不同阶段。病情部位： 分为回肠末段型（L1）、结肠型（L2）、回结肠型（L3）以及上消化道型（L4）。病情严重程度： 采用帕萨评分系统，根据患者的临床表现、实验室检查等综合评估，分为轻度、中度和重度。
内镜表现标准
回肠末段及结肠病变： 内镜下可见病变呈节段性、非对称性分布，黏膜呈铺路石样改变，可有纵行溃疡、裂隙状溃疡等。病变处黏膜脆性增加，容易出血。例如，在回肠末段可能观察到黏膜充血、水肿，有不规则的溃疡形成。小肠病变： 对于小肠克罗恩病，胶囊内镜或小肠镜检查可发现病变部位黏膜粗糙、呈颗粒状，有多发的小溃疡，肠腔可能存在狭窄等情况。
组织病理学标准
非干酪样肉芽肿： 这是克罗恩病的特征性病理表现之一，在肠壁的全层或黏膜下层可见非干酪样肉芽肿。但需要注意的是，并非所有克罗恩病患者都能检测到非干酪样肉芽肿，其阳性率约为 30% - 50%。黏膜炎症表现： 可见固有膜内淋巴细胞聚集、隐窝炎、隐窝脓肿等表现，炎症细胞主要以淋巴细胞和浆细胞为主，同时可能伴有黏膜下层的水肿等改变。
临床症状标准
消化系统症状： 常见的有腹痛，多位于右下腹或脐周，呈间歇性发作，疼痛性质可为隐痛、胀痛或绞痛。还可有腹泻，大便次数增多，可为稀便或糊状便，一般无脓血。部分患者会出现腹部包块，多位于右下腹或脐周，质地中等，有压痛。全身症状： 患者可能出现发热，多为间歇性低热或中度发热，少数患者可出现高热。还可有体重下降，由于肠道吸收功能障碍以及炎症消耗等原因，患者体重逐渐减轻，儿童患者可能会影响生长发育。