卵巢囊肿手术时间差异较大，一般在数十分钟至数小时不等。
囊肿性质简单的情况
若卵巢囊肿为单纯性且体积较小，手术相对简单，通常半小时至1小时左右即可完成。这类囊肿多为良性，手术操作相对容易，对周围组织影响小。
囊肿复杂的情况
当卵巢囊肿情况复杂，比如囊肿与周围组织粘连严重，或者是卵巢巧克力囊肿等，手术难度增加，时间可能延长至2 - 3小时甚至更久。复杂情况往往需要精细分离粘连等操作，耗费时间较多。
患者个体差异情况
患者自身身体状况也会影响手术时间。若患者存在基础疾病，如心肺功能不佳等，手术中需要更多监测和调整，可能使手术时间延长；而身体状况良好的患者，手术进程相对顺利，时间可能相对较短。
手术方式影响
不同的手术方式所需时间不同。传统开腹手术相对腹腔镜手术时间可能长一些，腹腔镜手术具有创伤小等优点，但操作精细时也需要一定时间，一般腹腔镜手术时间在1 - 2小时左右，具体还需根据实际情况而定。
特殊人群方面，如妊娠期女性患卵巢囊肿需要手术时，要充分考虑妊娠因素对手术的影响，手术时间可能因需要兼顾胎儿安全等因素而有所调整，需更加谨慎操作以保障母婴安全。