新生儿接种乙肝疫苗后，少数可能出现不良反应。一般来说，大部分不良反应比较轻微，多在24 - 48小时内自行缓解。
局部不良反应情况
注射部位红肿：接种后24小时内，少数新生儿接种乙肝疫苗的部位可能出现红肿，一般红肿范围较小，直径多在2 - 5厘米左右，且不伴有发热等其他严重症状。局部疼痛：有的新生儿会感到接种部位有轻微疼痛，一般不需要特殊处理，宝宝通常可以通过转移注意力等方式缓解。
全身不良反应表现
低热：部分新生儿可能出现低热，体温多在37.5 - 38℃之间，这种低热一般持续时间较短，1 - 2天内会自行消退。烦躁不安：有些新生儿可能会比平时更烦躁不安，可能是因为接种后身体有轻微不适，但一般不会持续很久，家长可以通过轻柔安抚来缓解宝宝的情绪。
极罕见严重不良反应
过敏反应：极个别新生儿可能出现过敏反应，如皮肤出现大片荨麻疹、呼吸急促等。如果出现呼吸急促、面色苍白等严重过敏表现，需要立即就医抢救。不过这种情况发生的概率非常低，大约在百万分之一甚至更低的概率。重度发热：极少数新生儿可能出现超过38.5℃的重度发热，这种情况需要及时带新生儿就医，医生会根据具体情况进行相应的退热等处理。