发烧39度但没有感冒症状，可能由以下原因引起：
1.感染性疾病：细菌、病毒、真菌等感染都可能导致发烧，而有些感染并不一定以感冒为首发症状，比如肺炎、肾盂肾炎、胆道感染等。
2.非感染性疾病：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可因免疫复合物沉积或免疫细胞攻击自身组织而引起发热。
恶性肿瘤：白血病、淋巴瘤等血液系统肿瘤，以及肺癌、胃癌等实体瘤，可因肿瘤细胞坏死或产生致热源引起发热。
中枢性发热：如脑出血、脑外伤、脑缺氧等，可直接影响体温调节中枢，导致发热。
其他：如药物热、甲亢、中暑等。
3.其他：一些生理性因素，如剧烈运动、精神紧张、女性排卵期等，也可能导致体温略有升高。
如果出现发烧39度且没有感冒症状，应及时就医，进行相关检查，如血常规、C反应蛋白、自身抗体、影像学检查等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息、多喝水，避免劳累和着凉。