莲花清瘟胶囊在临床上应用较广泛，但也可能出现一些副作用。一般来说，部分人服用后可能会出现胃肠道不适，比如大约有少数人会出现恶心、呕吐、腹泻等症状。
胃肠道方面的副作用
消化系统不适表现： 有的患者服用莲花清瘟胶囊后会出现恶心的感觉，感觉胃部不适，想要呕吐。还有些人会出现腹泻症状，大便次数增多，质地较稀。一般这些胃肠道不适症状相对较轻，多数人在停药后可自行缓解。
神经系统相关副作用
可能的头晕情况： 少数人服用莲花清瘟胶囊后可能会出现头晕的症状，表现为头部昏沉感，精神状态相对欠佳。不过这种头晕症状通常也不会很严重，一般不会对日常生活造成严重影响，但如果头晕症状持续不缓解或较明显，也需要引起注意。
过敏相关副作用
皮肤过敏表现： 个别人群可能对莲花清瘟胶囊中的某些成分过敏，从而出现皮肤方面的过敏反应，比如皮肤瘙痒，皮肤上可能会出现皮疹，表现为红色的小丘疹，分布在身体的某些部位，如躯干、四肢等。一旦出现过敏症状，应立即停药，并及时就医进行相应的抗过敏治疗。需要注意的是，大多数人服用莲花清瘟胶囊时耐受性较好，副作用发生概率相对较低。在服用莲花清瘟胶囊期间，如果出现较为明显或持续不缓解的不适症状，应及时咨询医生，由医生判断是否需要采取相应的措施来处理。