三个月不来月经，可能由多种原因引起。其中，最常见的是怀孕，对于有性生活的女性，首先要通过验孕试纸或到医院检查血HCG来排除怀孕，一般性生活后10天左右就能通过血检判断是否受孕。
内分泌失调导致
多囊卵巢综合征：这是常见的内分泌疾病，约占无排卵性不孕的70%。患者体内雄激素水平升高，会出现月经稀发甚至闭经，还常伴有多毛、肥胖等表现。一般通过激素六项检查等可辅助诊断。甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都会影响月经。比如甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致机体代谢减慢，进而影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，引起月经紊乱，严重时会出现三个月不来月经的情况。通过甲状腺功能检查能明确。
生活方式因素影响
过度节食：如果长期过度节食，摄入热量不足，身体会启动应激机制，导致下丘脑功能紊乱，促性腺激素分泌减少，从而引起闭经。一般建议每日摄入热量至少维持在1200千卡以上，保证营养均衡。长期熬夜：经常熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律，进而干扰月经周期。建议保持规律作息，每天保证7 - 8小时的睡眠时间。
疾病因素所致
子宫内膜损伤：多次人工流产、清宫手术等可能导致子宫内膜基底层受损，引起宫腔粘连，从而出现闭经。有宫腔操作史的女性若出现三个月不来月经，需警惕宫腔粘连，可通过宫腔镜检查确诊。垂体疾病：垂体瘤等垂体疾病会影响促性腺激素的分泌，进而影响月经。垂体瘤患者除了月经异常外，还可能出现视力下降、头痛等症状，通过垂体MRI等检查可辅助诊断。