精子畸形率高达99%时，首先要明确病因，然后针对性处理。对于治疗方面，首先要改善生活习惯，比如戒烟戒酒，避免长时间高温环境，因为高温会影响精子质量。同时要均衡饮食，多摄入富含维生素、锌等营养物质的食物，像瘦肉、坚果等。
病因排查与生活调整
病因排查： 要去医院进行详细检查，明确导致精子畸形率高的原因，可能与精索静脉曲张、内分泌失调、生殖系统感染等有关。比如精索静脉曲张是常见原因之一，需要通过超声等检查来判断。生活调整： 避免久坐，每隔一段时间要起身活动，每天保证适量运动，如散步、慢跑等，每次30分钟左右，每周至少3次。同时要规律作息，保证7~8小时的充足睡眠。
医疗干预措施
药物治疗： 如果是生殖系统感染引起的精子畸形率高，可能需要使用抗生素进行治疗，比如头孢类抗生素等，但具体用药需根据感染的病原体来定。如果是内分泌失调导致，可能会用到调节内分泌的药物，但要在医生指导下使用。手术治疗： 若存在精索静脉曲张且较为严重，可能需要进行手术治疗，如精索静脉高位结扎术等，一般术后精子质量可能会有所改善，但手术效果也因个体差异而异。
关于试管婴儿
能否做试管： 精子畸形率高99%时是可以考虑做试管婴儿的。试管婴儿技术可以通过单精子注射的方式，将健康的精子直接注入卵子中，从而实现受孕。不过在做试管婴儿前，需要进行全面评估，医生会根据具体情况制定合适的方案。但做试管婴儿也有一定的适应证和禁忌证，比如女性的生殖系统要基本正常等。而且试管婴儿的成功率也不是100%，会受到多种因素影响，如女性年龄、精子和卵子质量等。同时，做试管婴儿的费用相对较高，一般一个周期可能需要2~3万元左右，但不同地区和医院会有所差异。