人流后第三天小腹疼痛可能由多种原因引起，需结合具体情况分析。
子宫收缩痛
人流后子宫会收缩以恢复正常大小，这种收缩可能导致小腹疼痛，一般是阵发性的，属于正常的生理现象，多数女性可耐受，通常会持续一段时间后逐渐减轻。
宫腔残留
若人流不全，宫腔内有妊娠组织残留，也会引起小腹疼痛，同时可能伴有阴道流血量增多等情况，需通过超声等检查来明确。
感染因素
术后若不注意个人卫生等，可能引发宫腔感染，从而出现小腹疼痛，还可能伴有发热、阴道分泌物异常等表现。
肠道问题
人流后活动减少等因素可能影响肠道功能，导致肠道痉挛等引起小腹疼痛，这种疼痛可能伴有大便异常等情况。
对于人流后第三天出现小腹疼痛的情况，应密切观察疼痛的程度、持续时间及伴随症状等。若疼痛剧烈或伴有异常阴道流血、发热等情况，需及时就医进行相关检查，如超声等，以明确原因并采取相应处理措施。同时，人流后的女性要注意休息，保持外阴清洁，避免感染，关注自身身体变化，如有异常及时寻求医疗帮助。