电磁波治疗仪在规范使用下一般副作用较少，但如果使用不当可能存在一些问题。
一、能量过强导致皮肤损伤
若治疗时距离过近、照射时间过长，可能使局部皮肤出现红斑、疼痛等表现。因为高强度的电磁波能量过度作用于皮肤，超出了皮肤可承受的范围。
二、特定人群需谨慎使用
孕妇腹部等敏感部位使用电磁波治疗仪需格外小心，可能对胎儿产生潜在影响；皮肤有破损、感染处使用时，可能加重局部炎症反应，影响伤口愈合。这是由于孕妇身体特殊性及破损皮肤的脆弱性决定的。
三、可能干扰电子设备
电磁波治疗仪工作时可能会对附近的心脏起搏器等电子医疗设备产生干扰，影响其正常功能。这是因为电磁波会与电子设备的信号产生相互作用。
四、个体差异导致的不适
部分人群可能对电磁波治疗仪的刺激较为敏感，使用后出现头晕、乏力等非特异性不适，但这种情况相对较少见。个体的身体状况、对刺激的耐受程度存在差异。