肾结石会痛主要是因为结石在肾脏或输尿管内移动，刺激尿路黏膜，引发一系列反应。当结石在肾脏或输尿管内移动时，会造成尿路梗阻，使得尿液排出不畅，肾脏内压力升高，从而引起疼痛。
结石移动刺激神经导致痛
结石摩擦尿路黏膜： 肾结石在肾脏或输尿管内移动时，会不断摩擦尿路黏膜。比如较小的结石在肾盂或输尿管中滑动，就会刺激黏膜上的神经末梢，引发疼痛感觉。这种疼痛往往比较尖锐，让人难以忍受。引发平滑肌痉挛： 结石刺激还会引起尿路平滑肌痉挛。输尿管平滑肌受到刺激后会不自主地强烈收缩，试图将结石排出，而这种痉挛会加重疼痛。就像我们肌肉抽筋一样，那种紧绷、疼痛的感觉会持续存在。
梗阻导致肾脏积水引起痛
尿液排出受阻致积水： 肾结石如果卡在输尿管等部位，会阻碍尿液的正常排出，导致尿液在肾脏内积聚，引起肾脏积水。随着积水越来越多，肾脏体积会逐渐增大，肾包膜受到牵拉，也会产生疼痛。这种疼痛通常是一种胀痛，部位多在腰部或上腹部。积水加重肾脏损伤： 长期的肾脏积水会损害肾脏组织，进一步加重疼痛。而且积水还可能引发感染等并发症，感染也会加剧疼痛程度，让患者感觉更加不适。
不同结石位置痛的特点有别
肾盂内结石痛： 肾盂内的结石如果没有移动，可能只是偶尔有腰部隐痛；但当它开始移动向输尿管方向时，疼痛会逐渐加剧，疼痛部位可能会向同侧腹部、腹股沟甚至会阴部放射，让患者感觉多个部位都有疼痛不适。输尿管结石痛： 输尿管结石引起的疼痛更为典型，常常是突然发作的剧烈绞痛，疼痛程度非常严重，患者可能会在床上翻滚，同时还可能伴有恶心、呕吐等症状。不同部位的输尿管结石引起的疼痛放射部位也有差异，比如输尿管上段结石疼痛可放射到腰部和上腹部，输尿管中下段结石疼痛可放射到下腹部、腹股沟及会阴部等。