拉肚子肛门疼可能由多种疾病引起，比如痔疮，当腹泻时，粪便刺激痔疮部位，就容易导致肛门疼，这种情况在有痔疮病史的人群中较为常见。
一、肠炎相关
1. 细菌性肠炎： 由细菌感染引起肠道炎症，常见的如大肠杆菌感染。患者除了拉肚子，炎症刺激肛门周围组织，会出现肛门疼的情况。一般来说，细菌性肠炎发病较急，可能在进食被细菌污染的食物后1~2天内发病。2. 病毒性肠炎： 像轮状病毒引起的肠炎，也会导致拉肚子，同时因为肠道蠕动加快、粪便刺激，肛门会有疼痛感。儿童是轮状病毒肠炎的高发人群，发病后腹泻次数较多时肛门疼会更明显。
二、肛裂导致
1. 病因机制： 长期腹泻使粪便次数增多，粪便较稀软，排便时对肛门皮肤的冲击力大，容易导致原本就有肛裂的部位疼痛加剧，或者本身没有肛裂的人在频繁腹泻刺激下形成肛裂，进而出现拉肚子时肛门疼的情况。肛裂患者平时排便也会有疼痛，腹泻时这种疼痛会更突出。2. 症状表现： 除了拉肚子时肛门疼，还可能在粪便表面见到少量鲜血。
三、肛窦炎引发
1. 炎症刺激： 肛窦炎是肛窦、肛门瓣发生的炎症。当拉肚子时，粪便容易进入肛窦，刺激发炎的部位，引起肛门疼。肛窦炎患者平时也可能有肛门坠胀感，拉肚子时这种坠胀感会伴随肛门疼加重。2. 诱发因素： 不注意肛门局部卫生、腹泻等都可能诱发肛窦炎，使得肛门在拉肚子时出现疼痛不适。