儿童软疣通常可采用局部治疗等方法，其中冷冻治疗是比较常用的方式，一般经过1 - 2次冷冻即可改善。
局部治疗方法
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣小体彻底刮除，操作时要注意尽量把软疣小体完全清除干净。不过，对于年龄较小、不配合的儿童可能会有一定难度。冷冻治疗： 利用低温使软疣组织坏死脱落。一般来说，冷冻后局部可能会出现水疱等情况，通常1 - 2周能恢复。但要注意冷冻深度要适中，避免损伤周围正常皮肤。
药物辅助治疗
外用抗病毒药物： 比如维A酸软膏，它可以调节表皮细胞的分化和增殖，对软疣可能有一定的辅助治疗作用。不过使用时要注意按照医生指导，避免涂抹到正常皮肤。还有斑蝥素，也有一定抗病毒效果，但儿童使用需谨慎，要在医生评估后使用。免疫调节剂： 对于免疫力较低的儿童，可能会辅助使用一些免疫调节剂来帮助清除软疣。但免疫调节剂的使用需要严格遵循医生的建议，因为不同药物有不同的适用情况和注意事项。
日常护理要点
保持皮肤清洁： 要让儿童的皮肤保持清洁卫生，每天可以用温水给儿童清洗皮肤，但要注意水温不宜过高，避免刺激皮肤。清洗后要轻轻擦干，保持皮肤干爽。避免搔抓： 要告诫儿童不要搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致软疣扩散，传染到身体其他部位或者传染给他人。可以给儿童勤剪指甲，防止搔抓时损伤皮肤。衣物被褥清洁： 儿童的衣物、被褥要经常清洗晾晒，清洗时最好用热水烫洗，因为软疣病毒在高温下容易被灭活，这样可以减少病毒的传播和再次感染的可能。